Tal y como establece la Ley 12/1990, de 26 de julio, de Aguas, en su artículo 12.2 Son órganos rectores del Consejo Insular de Aguas:

1. La Junta General
2. La Junta de Gobierno
3. El Presidente

Así mismo en el artículo 13.1 se establece que La composición de la Junta General de los Consejos Insulares se determinará estatutariamente; en todo caso deberán estar representadas en la misma las siguientes entidades:

1. El Gobierno de Canarias.
2. El Cabildo Insular respectivo.
3. Los Ayuntamientos.
4. Los consorcios, empresas públicas y de gestión de servicios públicos que operen en la isla y cuya actividad esté directamente relacionada con el agua.
5. Las entidades concesionales y titulares de aprovechamientos que resulten de la aplicación de la presente Ley, así como sus respectivas organizaciones.
6. Las organizaciones agrarias.
7. Las organizaciones empresariales, sindicales, y de consumidores y usuarios.

Las entidades descritas en los apartados a), b), c) y d) tendrán una representación del cincuenta por ciento. El Gobierno de Canarias contará con un representante. La referida en el apartado d) no podrá exceder del cinco por ciento.

Las entidades descritas en los apartados e) tendrán una representación del veinticuatro por ciento.

Las entidades descritas en los apartados f) y g) tendrán conjuntamente una representación del veintiséis por ciento, atendiendo a las peculiaridades de cada isla en cuanto a los usos del agua.

Por otro lado el artículo 14 recoge que la Junta de Gobierno estará integrada por una represtación proporcional de todas las entidades presentes en el Consejo Insular. Su composición se determinará estatutariamente.

 Composición de la Junta General.

 Composición de la Junta de Gobierno.